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《核定征收企業所得稅征收辦法》第三條規定，納稅人有下列情形之一的，應當評估征收企業所得稅：(一)依照法律、行政法規的規定，不得設置帳簿;(二)依照法律、行政法規的規定設置帳簿，不得設置帳簿的;(三)擅自銷毀帳簿或者提供稅務資料的;(四)帳簿雖設置，但帳簿混亂的。或者成本資料、收入憑證、費用憑證不齊全，難以記帳的;(五)有納稅義務的，不按照規定期限辦理納稅申報，稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的;(六)計稅依據因為宣言顯然很低，沒有正當理由。這些措施不適用于特定行業、特殊類型的納稅人和一定規模或以上的納稅人。上述具體納稅人由國家稅務總局另行規定。


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一、核定應稅所得率的，存在兩個方面的問題

1. 視同銷售貨物、轉讓財產或者提供勞務行為，會計上不核算收入的漏繳企業所得稅

（1）對以核定應納稅所得率方式征收的企業所得稅，稅務機關基本上是按收入總額核定應納稅所得額，很少采用按成本核定應納稅所得額的方法。實踐中，企業按照總收入核定應納稅所得額，預繳企業所得稅時，以主要業務收入、其他業務收入和非營業收入之和為總收入，并按照稅務機關批準的應納稅所得率和適用稅率計算應稅金額。年度企業所得稅匯算清繳時，以三項所得之和為年度總收入，按照預繳企業所得稅時適用的應納稅所得率和適用的稅率計算應納稅年度企業所得稅。事實上，除非沒有預先繳付入息，否則基本上是不會交稅的。

（2）根據《國家稅務總局關于核定征收企業所得稅若干問題的通知》(國稅函[2009]377號)第二條規定，《征收辦法》第六條中的“應納稅所得額”為總收入減去非應納稅所得額和免稅所得額后的余額。計算公式如下：應納稅所得額=總收入-非應納稅所得額-免稅收入.其中，總收入是指企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入。

（3）《企業所得稅法實施條例》第十二條至第二十二條對《企業所得稅法》第六條規定的各項收入作了具體說明，此處不再贅述。第二十五條企業進行非貨幣性資產交換，使用商品、財產和服務捐贈、還本付息、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配的，除國務院財政稅務主管部門另有規定外，視為銷售、轉讓財產或者提供服務。

（4）企業所得稅收入總額不僅包括《企業所得稅法》第六條規定的九項收入，還包括“視同銷售商品的收入，轉讓《企業所得稅法實施條例》第二十五條規定的財產或者提供服務(以下簡稱視同出售(營業)所得)。企業所得稅的征收或者批準，所得稅總額的范圍應當相同。但是，由于有些企業被視為銷售(營業)收入，在會計核算中沒有通過收入主體的核算，因此按收入總額確定企業所得稅的企業漏報了企業所得稅。

2. 超過標準的，稅務機關不申請調整應納稅所得率

（1）根據不同行業，采用征收法確定應納稅所得額的范圍，各行業的應納稅所得額范圍較大。稅務機關確定被批準企業的應納稅所得率時，一般容易被企業接受，避免了雙方的矛盾考慮，總體上核定的應納稅所得率相對較低。
（2）征收辦法規定的應納稅所得額或者應納稅額增減幅度達到20%的，稅務機關應當及時申報調整確定的應納稅額或者應納稅所得額稅率。在實踐中，企業實際應納稅所得額超過稅務機關批準的應納稅所得額20%的情況仍然很多，但很少有企業主動向稅務機關申請在年度結算時調整應納稅所得率，并按照新批準的應納稅所得率匯出和結清應納稅所得率。

二、核定應納所得稅額的不進行年度“匯算清繳”

1. 《企業所得稅匯算清繳管理辦法》(國稅發[2009]79號)第三條第二款，國家稅務總局發布的《辦法》(以下簡稱《辦法》)規定，納稅人實施企業所得稅核定定額征收的，不得進行匯算清繳。

2. 企業所得稅的月度(季度)預付款和年度納稅申報表(B類)在申請范圍內規定，在每月(季度)的基礎上備案并繳納企業所得稅時，納稅人必須使用本表格，并征收企業所得稅。本表用于納稅人采用核定應納稅所得率方法進行年度決算。

3. 根據上述兩項規定，實施經批準的固定企業所得稅納稅人，似乎不需要進行年度企業所得稅結算。但《征收辦法》第十四條規定，納稅人采取核定應納稅所得額方式的，應當按照下列規定申報納稅：其中第(三)項規定，在年度終了后，納稅人應當按照實際經營額或者實際應納稅額，在規定的期限內向稅務機關申報納稅。申報金額超過核定的營業金額或者應稅金額的，按照申報金額納稅;申報金額低于核定的營業金額或者應稅金額的，按照核定的營業金額或者應稅金額納稅。

4. 《征收辦法》第十四條第(三)項規定的“納稅人年度終了后，在規定期限內”是指企業所得稅匯算清繳的時間，即“年度終了后五個月內”。因此，本辦法第十四條第(三)款的規定，是指在企業所得稅結算結算期限內，核準應付所得稅數額的企業，應當按照實際經營金額或者實際應付稅額向稅務機關申報納稅。申報金額超過核定的營業金額或者應稅金額的，按照申報金額納稅;申報金額低于核定的營業金額或者應稅金額的，按照核定的營業金額或者應稅金額納稅。

5. 事實上，這項規定顯示，實施經批準的定額征收企業所得稅的納稅人，應采取一種特殊、簡單的企業所得稅結算方式，即只要在交收期限內申報納稅。企業不再按照管理辦法的規定辦理企業所得稅匯算清繳，而是向稅務機關提供企業所得稅匯算清繳的年度納稅申報表、財務會計報告和其他有關資料。

在實踐中，仍有許多情況下，實際經營金額或實際應付稅額超過批準的營業額，或應付稅款數額應在結清所得稅數額的期限內償還，但很少有企業在結算期間繳納稅款，而稅務機關在預繳稅款時批準的稅額基本上不支付稅務機關繳納的稅額。